Đồn biên phòng Lũng Cú nằm dưới chân núi, cách cột cờ 330 m, có nhiệm vụ chính bảo vệ 25,5 km đường biên giới Lũng Cú giáp Trung Quốc. Tương truyền tại địa điểm dựng đồn biên phòng này, từ thời Tây Sơn sau khi đại thắng quân xâm lược phương Bắc, hoàng đế Quang Trung đã cho đặt một chiếc trống đồng rất lớn và cứ mỗi canh giờ trống lại được gióng lên ba hồi vang xa như để khẳng định chủ quyền đất nước. Chính vì thế, Lũng Cú khi đọc chệch âm sang âm tiếng H'Mông là Long Cổ, tức trống của vua, và người H'Mông tại nơi đây hầu như đều biết đánh trống đồng. Rất có thể cũng vì một trong những lý do nói trên mà nhà nước Việt Nam khi xây dựng cột cờ đã đặt phù điêu trống đồng Đông Sơn dưới chân cột.

Hiện nay tại đồn biên phòng Lũng Cú có một trạm chuyên làm nhiệm vụ bảo vệ lá cờ trên Cột cờ Lũng Cú này và hầu như cứ khoảng 1 tuần hoặc lâu nhất là 10 ngày cờ lại phải được thay mới, do sức gió trên đỉnh Lũng Cú rất mạnh khiến cờ dễ hư hỏng. Theo cán bộ của trạm, lúc nào trong trạm cũng có hàng chục lá cờ lớn cỡ 54m² để dự phòng.